1998/99 konnte Lazio den Europapokal der Pokalsieger in die Hauptstadt holen. Damit ist Lazio der letzte Gewinner dieses Wettbewerbes, denn dieser wurde danach abgeschafft.
Lazio begann in der ersten Runde gegen den schweizerischen Vertreter Lausanne. Das Hinspiel endete 1-1, den einzigen Treffer für Lazio erzielte Nedved. Im Rückspiel gab's wieder ein Remis, diesmal ein 2-2. Durch die Auswärtsregel zog Lazio in die nächste Runde ein, die beiden Treffer erzielten Salas und Conceicao.
Im Achtelfinale traf man dann auf den serbischen Vertreter Partizan. Das Hinspiel endete 0-0, im Rückspiel gab's einen 2-3 Auswärtserfolg durch die Treffer von Stankovic und einem Doppelpack durch Salas.
Danach ging es im Viertelfinale gegen den griechischen Vertreter Panionios. Das Hinspiel gewann Lazio auswärts klar mit 0-4. Die Treffer erzielten Nedved, ein Doppelpack durch Stankovic und ein Eigentor der Griechen durch Gazis. Auch das Rückspiel ging mit 3-0 klar an die "Laziali", die Treffer erzielten Nedved, Stankovic und De La Pena.
Im Halbfinale wartete der russische Vertreter Lokomotiv Moskau auf Lazio. Das Hinspiel endete 1-1, den einzigen Treffer erzielte Boksic. Das Rückspiel endete 0-0, so dass Lazio durch die Auswärtsregel ins Finale einzog.
Im Finale traf man auf den spanischen Vertreter RCD Mallorca:
Lazio 2-1 Mallorca
Lazio: Marchegiani, Pancaro, Nesta, Mihajlovic, Favalli, Stankovic (56' Conceicao), Almeyda, Mancini (90' Couto), Nedved (83' Lombardo), Salas, Vieri
Reserve: Ballotta, Negro, Gottardi, De La Pena
All. Eriksson
Mallorca: Roa, Olaizola, Marcelino, Siviero, M. Soler, Lauren, Engonga, J. Stankovic, Ibagaza, Dani, Biagini (72' Paunovic)
Reserve: Cesar Galvez, Carreras, Lopez, C. Soler, Carlos, Nino
All. Cuper
Schiedsrichter: Benko (Österreich)
Tore: 7min Vieri (LAZ), 11min Dani (MALL), 83min Nedved (LAZ)
Zuschauer: 33.000
Gelbe Karten: Mihajlovic, Vieri, Marchegiani (LAZ), Siviero (MALL)
Folgende Spieler wurden eingesetzt:
9x - Mihajlovic
8x - Couto, Marchegiani, Nedved, Pancaro
7x - Mancini, Stankovic
6x - Almeyda, Salas
5x - Favalli, Gottardi, Lombardo, Conceicao
4x - Baronio, De La Pena, Nesta, Venturin, Vieri
3x - Boksic, Lombardi, Negro
2x - G.Lopez
1x - Ballotta, Crovari, Marcolin
und folgende trafen:
4x - Nedved, Stankovic
3x - Salas
1x - Boksic, De La Pena, Conceicao, Vieri